Skip to content

Набор инструментов для обработки радиобиологических Excel‑данных: визуализация опухолевого роста и кожных реакций, статистика, интерактивный GUI (PyQt6). Поддерживается оценка параметров LQ‑модели (α/β) и сравнение экспериментов.

Notifications You must be signed in to change notification settings

cobaltCorsair/neuro_stats

Repository files navigation

Neuro Stats — инструменты анализа и визуализации

Репозиторий с наборами инструментов для обработки данных в радиобиологических исследованиях: загрузка Excel-данных, визуализация, статистический анализ, GUI и утилиты для подгонки параметров линейно‑квадратичной модели (LQ, α/β).


Быстрый старт

Требуется Python 3.10+.

Установка (Poetry):

poetry install
poetry run python -V

Либо (pip):

pip install -U pip
pip install -e .

Структура репозитория

  • work_with_prepared_data/ — подготовленные данные и проекты анализа.
  • ui/ — дополнительные интерфейсы/конвертеры UI.
  • neuro_stats/ — часть, связанная с распознаванием текста (OCR); префикс neuro_ относится к этой подсистеме, не к радиобиологии.
  • apple_vision/ — модуль распознавания изображений (экспериментальный).

Радиобиологический модуль (GUI и CLI)

  • Запуск GUI:
python -m work_with_prepared_data.radiobioligy_project.gui.main_window

Альтернатива (если есть проблемы с импортами модулем):

python .\work_with_prepared_data\radiobioligy_project\gui\main_window.py
  • Примеры CLI:
python .\work_with_prepared_data\radiobioligy_project\draw_base_graphs.py
python .\work_with_prepared_data\radiobioligy_project\draw_base_graphs_compare.py
python .\work_with_prepared_data\radiobioligy_project\skin_reactions_base_grapf.py
cd .\work_with_prepared_data\radiobioligy_project\survival
python .\fit_alpha_beta_using_processor.py --alpha 0.3

Скриншот GUI:

GUI

Подробнее: work_with_prepared_data/radiobioligy_project/README.md (формат Excel‑данных, методы, советы по данным).


Данные

  • Примеры таблиц и наборов располагаются в work_with_prepared_data/datas/ и подкаталогах.
  • Формат: первая строка — параметры эксперимента (дозы, условия), далее строки по животным, столбцы — временные точки.

Требования и зависимости

  • Основные: PyQt6, matplotlib, numpy, pandas, scipy, scikit-learn, fastdtw и др.
  • Управление зависимостями: Poetry (pyproject.toml, poetry.lock).

Подсказки по запуску

  • Windows PowerShell: используйте модульный запуск python -m, чтобы избежать проблем с PYTHONPATH.
  • Matplotlib + Qt: при необходимости установите PyQt6; в некоторых модулях установлен бэкенд QT5Agg.

Лицензия и назначение

Код предоставляется для исследовательских целей. Проверьте применимость методик к вашим данным и корректность интерпретации результатов перед публикацией.

About

Набор инструментов для обработки радиобиологических Excel‑данных: визуализация опухолевого роста и кожных реакций, статистика, интерактивный GUI (PyQt6). Поддерживается оценка параметров LQ‑модели (α/β) и сравнение экспериментов.

Topics

Resources

Stars

Watchers

Forks

Packages

 
 
 

Contributors

Languages